Zipフォルダが二重構造になっていませんか？
Windowsの標準機能では、Zipに圧縮する際にフォルダを選択すると同じ名前のフォルダが入れ子の状態で圧縮されてしまいます。
アップロードしたいファイルをすべて選択して圧縮してください。