ユーザをコースへ登録する際の、方法の違いです。

IMS Enterpriseファイル
SOSEKIに登録されたデータが流れ込んだもの。SOSEKI上で変更があれば、翌日にMoodleに反映される。

手動登録
「登録ユーザ」画面の「ユーザを登録する」ボタンを使用するなど、SOSEKIを経由しない登録。