以下にて、該当のユーザの登録方法の欄に「手動登録」と記載されていれば、×マークで削除ができます。

管理 > コース管理 > ユーザ > 登録ユーザ

その際、×マークの枠内に「手動登録」ではなく「IMS Enterprice」と記載があれば、削除することができません。
SOSEKIから登録の削除を行ってください。