【教員】評定がオレンジ色になっているところがあります。どういう意味でしょうか。

通常は小テストや課題で採点を行いますが、評定で評点を直接手入力した時に、それを示すオレンジ背景の強調表示になります。
オレンジ色に変わった部分の評点は小テストや課題の採点から独立してしまい、小テストや課題で評点を変更したとしても反映されなくなりますので注意してください。

元に戻すには、右上の「編集モードの開始」ボタンを押して、該当の部分の編集アイコンをクリックして「評定の編集」画面へ移動します。
「優先」という項目にチェックが入っていますので、これを外してください。

【教員】評定で、一部の項目だけの合計をコース合計とすることは可能ですか?

可能です。以下を設定してください。
  1. 評定の「カテゴリおよび評定項目」画面でカテゴリを作成、計算に加えない項目をカテゴリに入れます。
  2. カテゴリの編集アイコンをクリック、カテゴリ合計の評定タイプを「なし」に変更します。
  3. 「カテゴリおよび評定項目」画面に戻り、コース自体の総計をプルダウンから「評点の合計」など適宜選択。

【教員】評定で小テストの点数だけを表示させたいのですが、どうしたらいいでしょうか。

評定の「カテゴリおよび評定項目」画面にて、必要でない項目の目をクリックして閉じてください。
文字色がグレーになり、学生視点ではその項目が見えなくなります。

カテゴリも同じです。
カテゴリの目を閉じると、カテゴリそのものを非表示にすることができます。